伊能靜與哈林（庾澄慶）有過一段婚姻，兩人於2009年離婚，2015年與小10歲的大陸男星秦昊結婚，婚後2年生下女兒「米粒」。過去她曾上節目罕見談起自己的身世，直言自己差點沒被生出來。
伊能靜過去上節目《金星秀》曾聊起自己身世，表示在家中自己排名老七，前面有四個姐姐，其中三位已離世。由於父親有重男輕女的觀念，這也讓媽媽相當自責，父親甚至在媽媽懷上她時撂重話：「這一個出來再是個女兒的話，我必須要去生兒子」。
伊能靜坦言，媽媽當年懷她時就不想把她生下來，曾試著從沙發上跳下來、喝藥想墮胎都沒成功，有一天母親決定到醫院墮胎時，隔壁的阿姨則告訴媽媽：「你這個肚子是尖的，應該是個兒子」這才讓媽媽打消墮胎的念頭。不料生下來後爸爸發現是女生，轉頭就走；後來爸爸則與別人生了3個兒子。
事後媽媽在伊能靜長大後，才告訴她當年曾捧著30萬去找那個女人，告訴對方說：「你可不可以把兒子賣給我，我會努力把他撫養長大」但對方卻特別驕傲地抱著孩子對媽媽說：「妳呀！肚皮不爭氣，生不出來。妳知道吳敏（伊能靜的父親）替這個孩子取名叫什麼嗎？叫吳悔（意指不後悔在外面有這個孩子）」媽媽聽完當場崩潰。
伊能靜強調，爸爸後來再婚生子其實自己並不恨父親，因為媽媽從小就灌輸她一個觀念，「沒有把男人照顧好是母親的錯」，還常告訴她父親很優秀、嘴很甜等等正面印象；甚至媽媽還賺錢養父親在外面新組成的家庭。對此，一旁的金星聽完無奈虧說：「什麼都占了，就是不掙錢是吧！」。
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